Desde sus orígenes en 1935 , en el Barrio Buenos Aires, de la ciudad de Medellín, ha conseguido 11 títulos de la Categoría Primera A una copa postobon y una Superliga colombiana, además 5 internacionales.
Se ha caracterizado desde sus inicios como patrocinador del talento criollo, aunque algunos de sus títulos los ha conseguido gracias a extranjeros. Algunos de los técnicos más importantes que han pasado por el equipo son: Osvaldo Juan Zubeldía, Francisco Maturana, Hernán Darío Gómez, Juan José Peláez,Fernando Paternoster, entre otros. Y algunos de sus más importantes jugadores son: René Higuita, Andrés Escobar, Víctor Hugo Aristizabal, Faustino Asprilla, César Cueto, Leonel Alvarez,Jorge Hugo Fernández, Alexis García entre otros.
Atlético nacional considerado uno de los mejores equipos de sur américa a competido por copas importantes en las cuales se ha destacado, una de ellas es la copa libertadores en la cual quedo campeón en el año 1989. comenzó disputando el grupo 3 con los australes de la Universidad Católica y la Universidad de Chile, y con Millonarios de Bogotá. Los "embajadores" bogotanos pasarían como primeros en el grupo, junto con Nacional de segundo, y la Universidad Católica de tercero. Jugó los octavos de final ganándole al Peñarol uruguayo por el mismo marcador de 3-1 en ambos partidos jugados en Medellín y en Montevideo. Luego en cuartos de final, el verdolaga se volvería a encontrar con Millonarios y volvería a tomar revancha tras la primera ronda (igual que en la Copa de 1989), derrotándolo por 2-1 en el Estadio Atanasio Girardot. En el partido de vuelta jugado en el Campín, terminó con empate a un gol y nuevamente vencía a los azules en los cuartos de final del certamen continental. La semifinal tuvo a Nacional enfrentándose contra el River Plate de Argentina, al cual venció 1-0 en Medellín con un gol de René Higuita de tiro libre. El partido de vuelta, en Buenos Aires, River venció a Nacional 1-0, pero los verdes pasaron a la final mediante los penales. Disputó la final de Copa Libertadores frente al Gremio de Porto Alegre, Brasil, en donde cayó 3-1 en el partido de ida jugado en Brasil. En el partido de vuelta, el resultado fue de 1-1 y el conjunto "Carioca" se consagró campeón del certamen.En la Supercopa de ese año ocurrió una eliminación en cuartos de final frente al Independiente de Avellaneda.




